肥大细胞稳定剂的作用机制是稳定肥大细胞膜，阻止其脱颗粒，从而抑制组胺、趋化因子、前列腺素等多种致敏反应介质的释放，但对已经释放的过敏介质引起的炎症无效。此类药物作用缓慢，副作用小，适用于慢性过敏性结膜炎患者，并可作为预防使用，常用药物有色甘酸钠、奈多罗米钠、吡嘧司特钾及洛度沙胺等。

通过抑制机体的免疫应答机制，降低机体对外界致敏原的敏感性，达到减轻过敏所致的炎症反应。严重的顽固性过敏性结膜炎可考虑应用。目前主要药物包括环孢素A和他克莫司。环孢素A与抗过敏药以及糖皮质激素配合使用，可逐渐减少糖皮质激素的剂量。他克莫司治疗效应较环孢素A强，在治疗糖皮质激素抵抗型的严重过敏性结膜炎患者较有效口。

细胞生长因子可促进眼部组织修复和愈合，可有效修复受损结膜。此类药物有重组牛碱性成纤维细胞生长因子等。JAK抑制剂可抑制JAK活性，阻断多种炎性细胞因子的信号转导，可抑制脱颗粒和细胞因子产生，降低组胺诱导的血管通透性，此类药物有托法替尼等。有报道使用新型白细胞介素-1受体阻滞剂(EBI-005)能改善中、重度过敏性结膜炎症状。人工泪液多用于治疗干眼，但对于以眼部不适为主症的过敏性结膜炎也可起到辅助治疗的作用。

为取得良好临床疗效，过敏性结膜炎临床联合用药有以下几类：抗组胺药物或双效制剂联合非甾体类药物、双效制剂联合糖皮质激素、非甾体类药物联合糖皮质激素。其中抗组胺药物或双效制剂联合非甾体类药物是最常见的联合用药组合。

除此之外，还可以进行特异性致敏原检测，通过吸入物、食入物及血液检验等现代医学手段对日常生活中常见致敏性物质如尘螨、各种花粉等进行针对患者的个体性筛查，在一定范围内寻找致使患者变态反应的致敏原物质，通过舌下含服粉尘螨滴剂，可改善眼部症状，促进疗效。还有助于指导患者在日常生活中减少致敏原的接触，减少过敏性结膜炎的发生。