形成屈光参差的原因复杂，就先天因素来说：孩子的双眼眼轴发育是否平衡对屈光参差的产生有着密切关系。

孩子刚出生时的双眼均为远视状态，在眼球发育过程中，主要由于眼轴的增长和晶状体屈光力的变化，远视度数不断减小。

当远视完全消失而眼轴继续增长时，就可能出现近视且度数加深。即眼球的屈光状态逐渐从远视向近视发展。

如果孩子出生时就有明显的双眼眼轴发育不平衡，或者双眼近视的进展不同，就可能会引起屈光参差。

有学者在2004年针对眼轴长度与屈光参差的关系做出了研究，实验招募了1979名7~9岁的儿童，其中720名受试者至少有一只眼睛近视。

研究结果表明：眼轴长度越长，屈光参差越大。

屈光参差患者双眼屈光度的差异主要因素为双眼眼轴不同速度的增长。

同时后天的环境因素对屈光参差的发生发展也有一定的影响：

 比如孩子习惯歪头看书、书写姿势不正确，造成了双眼工作距离不同，而调节反应近似，物像落在双眼视网膜上的状态不同（一眼落于视网膜上，另一眼则落于视网膜前或后），导致成像质量不同也容易引起屈光参差。